Le fort originel a été construit pendant la guerre de 1812, au temps où cette zone était comprise dans la région du Haut-Canada. Les britanniques voulaient anticiper la possibilité d'une attaque américaine sur la pointe Henry qui aurait mis en péril les chantiers navals de la Royal Navy. La perte de cette route maritime vitale aurait en effet coupé les approvisionnements vers la ville de Kingston et le reste du Haut-Canada.
Le fort actuel a été construit entre 1832 et 1837. Le but était de protéger l'accès au canal Rideau qui avait été creusé comme alternative à la route maritime passant par le Saint-Laurent. Il était prévu de bâtir tout un système défensif mais les dépassements de budget lors de la réalisation du canal limitèrent les constructions à quatre tours Martello et à un fort.
L'armée britannique abandonna le fort en 1870, peu après la création de la confédération canadienne. Il a été occupé par les troupes canadiennes jusqu'en 1891. À mesure que les relations avec les États-Unis s'amélioraient, les besoins de défense le long de la frontière diminuaient. À part son utilisation comme camp de prisonniers de guerre durant la Première Guerre mondiale puis la Seconde Guerre mondiale, le fort Henry fut abandonné par les militaires et tomba en ruines.
À l'heure actuelle, les tours du fort peuvent être utilisées dans le cadre de programmes d'éducation ou simplement être visitées. Le fort en tant que tel est utilisé comme cantonnement par la garde qui, habillée d'uniformes calqués sur ceux utilisés à l'époque, fait démonstration de la vie militaire qui était celle des soldats occupant le fort.
