La bataille de Culloden ( 16 avril 1746) marque l'échec du quatrième des débarquements royalistes en Écosse, après ceux de 1692, 1708, et 1715, et la fin des espoirs de restauration de la lignée des Stuarts sur les trônes d'Écosse et d'Angleterre, avec la fuite du prince Bonnie Charles réduit à implorer l'aide de la jeune Flora McDonald. Elle s'accompagne d'une intensification de la pression contre le mode de vie traditionnel des Highlanders (incluant les clans, les tartans et même la cornemuse).
Du point de vue militaire, il s'agit d'une victoire tactique des fusiliers et des canons hanovriens, face à une armée formée principalement de Highlanders écossais issue des clans fidèles à la lignée jacobite. Pour la première fois, la spontanéité de la charge furieuse sabre au clair des guerriers jacobites sera mise en échec par la rigueur et la discipline des fusiliers du duc de Cumberland.
Après la bataille de Culloden, le système des clans fut battu en brèche sur tous les fronts afin que les Highlands ne puissent plus jamais être le centre d'une révolte. Aucune distinction ne fut établie entre clans jacobites et clans whigs (fidèles à la Couronne ). La dispersion systématique des clans fut entreprise. La cuisante défaite des Écossais face aux Anglais allait apporter son lot de souffrances dans les Highlands. Ce fut une occasion en or pour ces derniers de régler de vieux comptes avec les Highlanders.
La défaite des jacobites ouvrit en effet la voie à une répression qui, même en tenant compte des exagérations de la propagande, ne peut être qualifiée que de sauvage. Les Anglais trouvèrent donc, dans le fils du roi ; il laissa libre cours à la brutalité de ses troupes, dont la majorité était constituée de mercenaires allemands et de recrues levées dans les plus basses classes de l'Angleterre. Une chasse systématique aux rescapés s'instaura. On ne fit quartier à aucun traînard, ni fuyard, sauf aux quelques élus destinés à être exécutés en public. Les blessés gisant sur le champ de bataille n'éveillèrent aucune compassion ; une balle ou un coup de baïonnette les achevait quand on les découvrait.
Quand le bruit se répandit que des fuyards s'étaient réfugiés dans les maisons autour du champ de bataille, ordre fut donné de les brûler avec leurs habitants, et que si quelqu'un tentait de s'échapper il serait aussitôt fusillé. Certains officiers refusèrent d'exécuter ces ordres barbares, mais les soldats mercenaires le faisaient à leur place. On cite l'exemple d'une femme en train d'accoucher, qui fut brûlée vive dans sa maison avec neuf ou dix autres femmes, acte indigne de gens qui se disaient chrétiens.
Encore là, s'agissait-il de brutalités commises à chaud, aussitôt après la bataille. Mais la chasse aux rebelles se poursuivit pendant des mois.
Ce fut la dévastation totale au passage des troupes anglaises. Quand des créatures affamées cherchaient une poignée de farine d'avoine, elles étaient repoussées à coups de mousquet. Aussi cruelles et répugnantes que fussent ces représailles, elles étaient jugées insuffisantes.
La machine judiciaire se mit en branle. Les prisonniers, dont certains s'étaient rendu sous promesse d'amnistie, furent déportés en masse aux Antilles et en Amérique, comme des esclaves entassés dans d'infectes sentines ; plus de 1 500 Highlanders allèrent ainsi renforcer la main- d'œuvre des plantations outre-mer.
Les lois qui supprimaient le système des clans, qui jugeaient criminelle l'exécution de musique ancienne et le port du kilt et du tartan, furent encore plus efficaces pour anéantir l'esprit des Highlanders. Tous les Highlanders devaient livrer leurs armes. S'ils refusaient, ils pouvaient être condamnés aux travaux forcés pendant sept ans. Pour plus de trente ans, ces signes extérieurs du celtisme devinrent clandestins, jusqu'à ce qu'une nouvelle loi les autorise à nouveau en 1782.
Le nom même d'Écosse disparut des documents officiels ; on ne parla plus que de la « Grande-Bretagne du Nord » (North britain).
Le gouvernement britannique mit tout en œuvre pour éliminer et détruire complètement le système patriarcal des clans, coupant ainsi court à l'esprit de rébellion des Highlanders. En 1746, le chancelier Hardwick fit adopter le « Disarming Act » punissant sévèrement le port ou la possession d'armes, de même que celle du plaid, du tartan et du kilt. La cornemuse étant taxée d'instrument de guerre, fut elle aussi proscrite. Plusieurs Écossais devinrent des hors-la-loi, des fugitifs, vivant en marge de la société.
Tout ce qui singularisait les Highlands était interdit, tout était bon pour abolir la plus petite distinction entre Écossais des Highlands et des Lowlands. Évolution en sens unique qui faisait craindre aux Gaëls la fin de leur monde.
Après, les insurrections de 1715 et 1745, des centaines de prisonniers jacobites furent déportés dans les colonies américaines et aux Indes occidentales pour travailler dans les plantations ou comme serviteurs sous contrat. Un stimulant indirect de l'émigration fut le service qu'accomplirent en Amérique les régiments de Highlanders pendant la guerre de Sept Ans (1756-1763).
Entre la fin de la guerre de Sept Ans et le début de la guerre d'Indépendance américaine, environ vingt mille personnes semblent avoir quitté les Highlands pour l'Amérique du Nord.
Depuis deux cents ans au moins, les « Highlands Regiments of the British Army » ont beaucoup contribué à maintenir les traditions des Highlands et à garder vivant l'esprit des clans. Ils ont également permis le temps de l'oubli et pourtant, ce n'était certainement pas l'objectif premier.
Beaucoup diront que la bataille de Culloden a marqué la fin du mode de vie traditionnel dans les Highlands, ce qui surprend est la persistance de la loyauté de ces hommes et de ces femmes. Ils entretiennent et chérissent la mémoire de leurs ancêtres, bon ou mauvais, et un sentiment d'identité avec les morts reste vivant en lui jusqu'à la vingtième génération.
L'histoire de la bataille de Culloden et ses conséquences sont donc essentielles pour les écossais, mais à contrario, le champ de bataille et le musée attenant n'offrent pour le touriste qu'un intérêt limité.