Durant la seconde guerre mondiale, le port est intégré au dispositif de défense constitué autour de la base sous-marine. L'écluse fortifiée de 155 mètres de long, 25 de large et 14 de haut est construite en 1943-1944 dans l´axe de la base. Elle vient « bunkériser » l'ancienne entrée du port. Les terrasses de la base et de l´écluse sont dotées d´une importante défense anti-aérienne. Ce porche de béton devait permettre de protéger les sous-marins des bombardements pendant la période d'éclusage entre l'estuaire et le bassin. Mais il ne sera jamais opérationnel : le sas fortifié de l'entrée Est ne sera pas achevé et l'entrée Sud reste la porte maritime de la « Forteresse Saint-Nazaire ». La base allemande de Saint-Nazaire constitue un objectif stratégique pour les bombardements alliés. La ville et ses habitants vont, en réalité, être les principales victimes des 50 bombardements qui détruisent la ville à 85 %.
La reconstruction : une ville séparée de son port. Les travaux de déblaiement de la ville en ruines commencent rapidement. Les objectifs de la reconstruction sont clairs : agrandir l'espace industrialo-portuaire en déplaçant le centre-ville et la gare vers l'ouest, doter la ville d'équipements modernes, organiser la voirie en prévoyant un fort développement de l'usage de la voiture. C'est ainsi que la cité se « sépare » de son port. Une ville nouvelle se dessine selon un schéma fonctionnel : la zone d'activités portuaires et industrielles à l'est, une zone tampon ou encore « coupure verte » autour de la base sous-marine, une zone pour le développement urbain à l'ouest. Un axe majeur de plus d'un kilomètre de long, orienté nord – sud, relie la nouvelle gare à l'Hôtel de ville : l'avenue de la République, nouvelle artère commerçante, éloignée du port d'origine. La reconstruction de la ville prend symboliquement fin en 1960 avec l'inauguration du nouvel Hôtel de ville.
Se réapproprier l'histoire et le sens de la ville. Saint-Nazaire était une ville neuve à laquelle il fallait redonner un sens. « Ouvrir la ville sur le port et la mer » est affirmé dès 1983 comme l'un des objectifs majeurs et l'une des conditions du renouveau de la ville. Des réflexions issues des années 80, ressortent de grands axes d'actions à partir desquels la ville va forger son évolution :
Dès le début des années 80, la ville engage sur le port les premières actions de sa politique culturelle doublée d'une ambitieuse politique touristique. Au début des années 90, le port attire ses premiers publics, touristes, promeneurs, amateurs de culture, artistes, mais aussi écrivains et créateurs…
L'Ecomusée et le sous-marin Espadon ouvrent leurs portes en 1987 / 1988. Le sous-marin est installé dans l'ancienne écluse fortifiée.
A la fin des années 1990 un évènement majeur se produit : la reconquête de la base sous-marine. Investie par la ville, elle va accueillir plusieurs équipements dont le premier n'est autre que l'emblématique Escal'Atlantic . Pour renouer avec sa légende transatlantique la ville a fait le choix de se doter d'un équipement consacré à l'histoire et au patrimoine des grands paquebots français. Et c'est à l'emplacement même d'où partaient les navires pour l'Amérique centrale que le visiteur-voyageur peut désormais embarquer à son tour. Le célèbre journaliste, grand voyageur Claude Villers ne s'y est pas trompé écrivant au moment de l'inauguration un très joli texte.
« A Saint-Nazaire, non loin des chantiers qui les ont vu naître, les paquebots d'autrefois – même ceux qui n'existent plus – s'offrent encore pour une traversée transatlantique vers l'Eldorado. Il me suffit de franchir l'échelle de coupée d'un vaste vaisseau de pierre pour entreprendre ce voyage dans les brumes de ma mémoire. Car ce monstre de béton construit sur les bords de Loire pour nourrir les pires cauchemars des hommes, abrite aujourd'hui une sorte de port magique où l'on peut embarquer pour l'aventure et la légende… »
